Saunan terveysvaikutukset tunnetaan nykyään melko hyvin. Saunoessa merkittävimmät muutokset elimistössä tapahtuvat verenkierrossa. Kuumassa  hiussuonet laajenevat, jolloin ihon verisuonten kokonaisuustilavuus kasvaa. Saunoessa ihoon voi mennä jopa 70 % sydämen pumppaamasta verestä eli veri kiertää ihon kautta. Kun mennään saunasta uimaan, ihon pintaverisuonet supistuvat ja verenpaine nousee nopeasti kohtalaisen paljon.
Professori Lasse Viinikka toteaa, että usein kysytään, mikä on saunan tärkein terveydellinen vaikutus. Se on myös arvokysymys. ”Tilapäisillä verenkierron vaikutuksilla ei ole suurta merkitystä terveyden kannalta. Tavallisesti olenkin sanonut, että saunan suurimmat terveydelliset vaikutukset ovat sen rentouttava vaikutus. Se on osoitettu tutkimuksissa ja kaikki suomalaiset sen tietävätkin”.
Nykytiedon perusteella saunominen on turvallista kaikenikäisille terveille ihmisille.

Kuitenkin lapsi saunassa poikkeaa terveestä aikuisesta. Lapsen lämmönsäätö on monin tavoin rajoittuneempi kuin aikuisella: vauvalla ja leikki-ikäisellä lapsella on kokoonsa nähden epäedullisen suuri ihon pinta-ala, jolloin pikkulapsi kuumenee samassa saunanlämmössä enemmän kuin aikuinen. Lapsen ydinlämpötila alkaa kohota heti löylytilaan tultua ja jatkuu koko siellä viipymisen ajan. Pikkulapsi ei siedä pitkäkestoista kovaa kuumuutta, hän ei pysty tätä asiaa myöskään itse kertomaan.
Saunassa kylpeminen on kuitenkin yleensä lapselle miellyttävä kokemus kunhan mainitut rajoitukset otetaan huomioon saunomistavoissa.
Saunaan tottunut suomalaisperhe osaa huolehtia lapsistaan saunassa, koska saunakulttuuri on peritty isältä pojalle. ”Karaistuuko” suomalainen lapsi sietämään saunaa luonnostaan, saunoessaan vauvaiästä lähtien? Lasten saunomista on tieteellisesti tutkittu kuitenkin erittäin vähän.

Parantaako saunominen untamme? Nukahtamisen kannalta tärkeä välittäjäaine on serotoniini. Lämpötilan nousu lisää serotoniinin aineenvaihduntaa. Noradrenaliini vaikuttaa myös keskeisesti unen rakenteeseen. Lämpötilan noustessa aivojen noradrenaliinin määrä vähenee, mikä liittyy vireystason laskuun ja syvän unen lisääntymiseen. On saatu sen suuntaisia tutkimustuloksia, että saunominen helpottaisi nukahtamista ja parantaisi yleensä nukkumisen laatua. Tämän hetkisen tiedon mukaan saunomisen vaikutukset selittynevät siis suurimmaksi osaksi lämpötilamuutosten kautta, mutta toisaalta lämpötilan tarkka vaikutusmekanismi nukkumiseen on edelleen huonosti tunnettu.